Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Bengkalis (STAIN Bengkalis) sebagaimana dikenal pada saat sekarang ini merupakan peralihan nama Sekolah Tinggi Agama Islam Bengkalis yang sebelumnya dari Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah yang berdiri pada tanggal 17 Juli 1988 yang dikelola oleh Yayasan Pendidikan Islam Al-Kautsar (YPIA) yang awalnya di bawah naungan Kopertais VI Sumbar, Riau dan Kerinci. Selama lebih kurang sembilan tahun dibina oleh IAIN Imam Bonjol Padang.
STIT Bengkalis yang kemudian disebut STAI Al-Kautsar Bengkalis didirikan berawal dari niat tulus Bapak Drs. Asyari Nur (ketika itu pegawai Departemen Agama), yang tidak terlalu berlebihan jika kita sebut beliau sebagai seorang yang berjiwa besar dan sangat memperhatikan masa depan Kabupaten Bengkalis khususnya bidang Pendidikan dan keguruan. Pemikiran pendirian STIT dilatarbelakangi dari keprihatinan beliau saat itu karena minimnya aparatur pemerintahan yang berkualifikasi sarjana strata satu (S-1) diberbagai instansi yang berada di Bengkalis. Keseriusan pendirian STIT oleh Bpk. Drs. H. Asyari Nur, SH. MM. kemudian ditindaklanjuti dengan pengajuan izin operasional PTAIS pada tahun 1989, ketika itu dipersiapkan beliau sebelum menunaikan Ibadah Haji. Dari keseriusan tersebut akhirnya berhujung manis setelah kurang lebih 40 hari setelah kepulangan beliau dari menunaikan Haji.
Selanjutnya pada bulan Oktober 1988 pembinaan STAI Bengkalis di alihkan kepada Kopertais Wilayah XII Riau-Kepri yang dibina oleh IAIN Susqa Pekanbaru (sekarang Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim Pekanbaru). Pergantian nama dari STIT ke STAI terjadi pada tahun 1999 dengan maksud memberi peluang untuk membuka fakultas lainnya sesuai dengan kebutuhan yang diinginkan.
STAI Bengkalis pada awal berdirinya, hingga tahun 1999 berkedudukan di jalan Pembangunan I. Masih menumpang di gedung SMPLB Kabupaten Bengkalis dan sejak tahun 2000 hingga sekarang STAI Bengkalis menempati Gedung Baru yang berlokasi di Jalan Lembaga Senggoro Bengkalis dengan luas tanah ± 1.6 hektare yang merupakan hibah dari Pemerintah Kabupaten Bengkalis.
Periodesasi kepemimpinan STAI Bengkalis hingga saat ini sudah berjalan 4 kali pergantian. Yang pertama Alm. Bapak H. Bengsabli, SH, kedua Bapak Drs. H. Asyari Nur, SH, MM (sekarang Ketua Yayasan), ketiga Alm. Bapak Rahman Jalil, S.Ag. MM, dan keempat saat ini Bapak Prof. Dr. H. Samsul Nizar, M.Ag.
Sampai pada tahun ini (2019) Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Bengkalis telah berumur 31 tahun. Lembaga Pendidikan Islam ini telah mampu menunjukkan perkembangan yang dapat dibanggakan dengan aktivitasnya dan telah dirasakan manfaatnya oleh masyarakat perkotaan maupun pedesaan. Baik melalui kegiatan Kuliah Kerja Nyata, Praktik Perkuliahan Lapangan, Pengisian wirid pengajian di mesjid-mesjid melalui safari Ramadhan, Perayaan hari-hari besar Islam dan juga menggelar kegiatan-kegiatan seni dan olahraga dan juga mengadakan seminar-seminar serta ikut dalam berbagai kegiatan oleh Pemerintah Daerah maupun organisasi. Hal tersebut dilakukan dalam upaya peningkatan sumber daya manusia dan juga mensosialisasikan STAI itu sendiri kepada masyarakat luas. Dan tidak kalah pentingya adalah sebagai wujud nyata Tri Dharma Perguruan Tinggi yaitu pengabdian kepada masyarakat.
Kemajuan lain yang sangat dirasakan adalah peningkatan jumlah mahasiswa yang masuk ke Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Bengkalis dari tahun ke tahun. Sampai pada tahun ajaran 2013/2014 Sekolah Tinggi Agama Islam Bengkalis (STAI) Bengkalis telah memiliki mahasiswa sebanyak ± 1.400 orang (data terakhir Agustus 2013). Adapun jumlah alumnus terhitung sejak wisuda angkatan ke-VI Tahun 2005 yang telah menyelesaikan Gelar Sarjana Strata Satu (S1) sebanyak 1875 orang.
Dalam pencapaian keberhasilan tersebut, ucapan terima kasih atas segala perhatian dan sumbangan pikiran, bantuan moril maupun materiil terutama kepada Pemerintah Kabupaten Bengkalis, IAIN Imam Bonjol, Universitas Islam Negeri Suska Riau, Kopertais Wilayah XII Riau-Kepri, Para Dosen, Alim Ulama, Cerdik Pandai serta masyarakat Kabupaten Bengkalis secara keseluruhan.
Pertama berdiri di tahun 1998 STAI Bengkalis merupakan yayasan yang dikembangkan Dr Asyari Nuri. Beliau secara sukarela menyerahkan jerih payahnya kepada pemerintah dan Negara demi anak bangsa di Negeri Junjungan Kabupaten Bengkalis bisa mengecap pendidikan berkualitas dan bergengsi yang dapat dipertanggungjawabkan. Dalam perjalanannya, banyak suka dan duka serta titisan air mata untuk mengembangkan lembaga pendidikan STAI Bengkalis tersebut yang berangkat dari keingingan untuk mengangkat anak negeri yang terlalu jauh ke pusat provinsi dalam mengecap pendidikan. Titis air mata, kesedihan, dan canda tawa itu akhirnya terobati saat Menteri Agama, Lukman Hakim Saefuddin, akhirnya membubuhkan tanda tangan pada hari Jumat, 19 September 2014, yang menandai perubahan status STAI swasta menjadi negeri. Selanjutnya, dengan seiring perjalanan waktu, maka saat ini STAIN Bengkalis sudah dimasukan dalam sistem penerimaan mahasiswa nasional. Dan ternyata mahasiswa yang berminat untuk masuk ke STAIN Bengkalis sangat besar yang terlihat dari animo calon mahasiswa dari berbagai daerah.
Setelah berjalan tiga tahun penegerian STAIN Bengkalis, maka berdirilah Program Studi Manajemen Keuangan Syariah dengan disetujuinya pengajuan proposal pendirian Program Studi pada awal tahun 2017 dengan diterbitkannya Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 109 Tahun 2017 Tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pada Program Sarjana Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Bengkalis di Jakarta pada tanggal 05 Januari 2017.